Η ιστορία του Ιερού Ναού του Αγίου Χαραλάμπους σύμφωνα με προφορικές και γραπτές μαρτυρίες έχει μια διαδρομή τετρακοσίων και πλέον ετών.
Λειτούργησε ως ανδρικό μοναστήρι με κτίσματα γύρω από τον παλαιό μικρότερο ναό, ο οποίος υπέστη ζημιές επί Τουρκοκρατίας και διαλύθηκε το 1833 από τους Βαυαρούς.
Η ευλάβεια των Χριστιανών των Θεσπιών, αλλά και όλης της Βοιωτίας, ανοικοδόμησε μέσα σε λίγα χρόνια τον νέο Ιερό ναό, στον οποίο διασώθηκαν παλαιές λειψανοθήκες με τεμάχιο της Ιεράς κάρας του Αγίου Χαραλάμπους και άλλων Αγίων, ως και η εφέστιος εικόνα του Αγίου.
Από το 1983 ξεκίνησε προσπάθεια ριζικής αναστηλώσεως και ανακαινίσεως του ιερού ναού, ο οποίος αποτελεί πόλο έλξης προσκυνητών τόσο από την Βοιωτία όσο και από την Αττική.Βιογραφία
Ο Άγιος Χαράλαμπος ήταν ιερεύς στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας και έζησε επί αυτοκρατορίας του Σεπτιμίου Σεβήρου (193 – 211 μ.Χ.). Όταν το έτος 198 μ.Χ. ο Σέβηρος εξαπέλυσε απηνή διωγμό κατά των Χριστιανών, ο έπαρχος της Μαγνησίας Λουκιανός, συνέλαβε τον Άγιο και του ζήτησε να αρνηθεί την πίστη του. Όμως ο Άγιος όχι μόνο δεν το έκανε αυτό, αλλά αντίθετα ομολόγησε στον έπαρχο την προσήλωσή του στον Χριστό και δήλωσε με παρρησία ότι σε οποιοδήποτε βασανιστήριο και να υποβληθεί δεν πρόκειται να αρνηθεί την πίστη της Εκκλησίας. Τότε η σκοτισμένη και σαρκική ψυχή του Λουκιανού επέτεινε την οργή της και διέταξε να αρχίσουν τα φρικώδη βασανιστήρια στο γέροντα ιερέα.
Πρώτα τον γύμνωσαν και ο ίδιος ο Λουκιανός, παίρνοντας το ξίφος του προσπάθησε να πληγώσει το σώμα του Αγίου. Όμως αποκόπηκαν τα χέρια του και έμειναν κρεμασμένα στο σώμα του Ιερομάρτυρα και μόνο ύστερα από προσευχή του Αγίου συγκολλήθηκαν αυτά πάλι στο σώμα και ο ηγεμόνας κατέστη υγιής. Βλέποντας αυτό το θαύμα του Αγίου πολλοί από τους δημίους πίστεψαν στον αληθινό Θεό.
Με το ζόφο στο νου και με τη θηριωδία στην καρδιά, ο έπαρχος έδωσε εντολή να διαπομπεύσουν τον Άγιο και να τον σύρουν διά μέσου της πόλεως με χαλινάρι. Τέλος, διέταξε τον αποκεφαλισμό του Αγίου, ο οποίος με το μαρτύριό του έλαβε το αμαράντινο στέφανο της δόξας σε ηλικία 113 ετών.
Περί των Λειψάνων του Αγίου Χαραλάμπους δεν υπάρχουν συγκεκριμένες μαρτυρίες. Η μοναχή Θεοτέκνη Αγιοστεφανίτισσα στο Συναξάρι του Αγίου Χαραλάμπους (1995 μ.Χ.), καταχωρεί πληροφορίες σχετικά με την τιμία Κάρα του Αγίου, η οποία φυλάσσεται στη Μονή Αγίου Στεφάνου Μετεώρων.
Σύμφωνα με τις πληροφορίες αυτές, η Κάρα του Αγίου δωρήθηκε στη Μονή από τον Ηγεμόνα της Βλαχίας Βλαδισλάβο, το 1412 – 1413 μ.Χ., μαζί με δύο κτήματα στο Μετόχι Μπουτόϊ. Για την εποχή και τις συνθήκες κάτω από τις οποίες βρέθηκε το πολύτιμο αυτό κειμήλιο στη Βλαχία, δεν σώθηκαν πληροφορίες. Επίσης, τμήματα της τιμίας κάρας του Αγίου Χαραλάμπους φυλάσσονται και στον ομώνυμο προσκυνηματικό ναό της κωμοπόλεως Θεσπιών της Βοιωτίας.
